天后是中國傳統的女海神。昔日香港水上經濟活動頻繁，靠海為生的人們，為求得到神靈庇護，於是紛紛建廟祭祀。今日香港境內約有天后廟100多間。
宋朝女海神
相傳天后本名林默娘，為宋初福建莆田湄洲人，精通天文、地理及醫術，死後多次顯現神蹟，海上遇難者常見一紅衣少女，往來風浪間，拯救遇溺者，因此華南各地天后廟內的天后像，都穿上大紅彩衣。元朝政府開始將天后納入官方體制，飭令閩浙沿海立廟祀奉，加封「天妃」神號。到了清代康熙二十三年（1684），清政府把林默娘加封為「天后」。清代不少福建人移居台灣，也將天后信仰帶到當地，成為當代閩台文化交流的重要紐帶。
海盜活動與天后信仰的傳入
香港早期的天后信仰，主要通過漁民、海盜、商賈三類人士的活動傳入。鯉魚門天后廟的建立，與香港早期的海盜活動有所關連。明清時代香港地區的不少沿海村落，村民都有參與海盜活動。前港督葛亮洪在其回憶錄中，稱出生於香港黃竹坑村的首位華人行政局議員周壽臣，曾向他開玩笑地說他的祖先是海盜出身。
相傳民族英雄鄭成功的部下鄭建，因未及隨鄭成功撤回台灣，鄭建及其部下流落鯉魚門一帶，後人以海盜為業。
乾隆十八年（1754），鄭建的曾孫鄭連昌在鯉魚門興建天后宮。廟內收藏的碑文謂： 「鄭連昌立廟，日後子孫管業。乾隆十八年春立」（該碑為 1953 年重修時所發現）。鯉魚門扼守香港島與九龍半島東面海峽要衝，鄭連昌在此興建天后廟的目的，除了祈求天后保祐海上平安之外，似乎亦有作為海盜哨站的用途。
鄭連昌死後，海盜集團為鄭一所承繼，鄭一死後，張保仔與鄭一的妻子鄭一嫂統率餘眾。後來張保仔向清政府投降，餘黨四散，天后廟亦成為香港開埠前海盜活動的遺跡。
古廟的演變
當地年長的村民對天后十分崇敬，謂幾十年前天后曾經在此顯靈，日本佔領香港時在天后廟前放炸彈也不響，戰爭期間得天后保祐，村內也沒有死人。鯉魚門村沒有伯公或大王，也沒有祠堂，村民雖然在家中拜祖先，但已將天后宮當作公家祠堂。據該廟前廟祝陳牛先生稱：1953年天后曾經顯靈，有記者拍下照片，現在放在廟中供奉。第二次世界大戰後，鯉魚門天后宮先後經歷三次重修：第一次為1953年，主要是擴大廟堂範圍；第二次是1986年；第三次是2012年，主要工程為在廟堂內另闢太歲殿。
鯉魚門天后宮除祭祀天后外，也有拜祀觀音與關帝，表現了明清時代以來中國民間信仰儒、佛、道三教合流的時點。與其他天后廟不同的是，鯉魚門天后宮周邊都被岩石包圍，廟後還可以看到一塊石頭與天后宮相連。廟前的門神雕刻在整幅木門上。該廟是由鯉魚門街坊會管理，廟祝基本上由鯉魚門村的村民擔任，該廟每年要將部分香火收入撥歸街坊會作為經費。過去鯉魚門村民也通過天后宮進行的宗教活動，建立與鄰近村落的友好聯繫。例如鯉魚門村與茶果嶺天后誕的唱戲，兩村一起聘請同一劇團表演，茶果嶺在三月廿三日正日先演；鯉魚門則在四月廿三日演出。
